ÚAPs vznikol v r. 2001 ako dôsledok organizačných zmien spojených s kreovaním Fakulty sociálnych vied a zdravotníctva, vyčlenením z pôvodnej Katedry psychológie Pedagogickej fakulty UKF. Tým sa etablovalo pracovisko zamerané na vedecko-výskumnú a metodologickú činnosť. Tieto ciele sa od obdobia vzniku pracoviska realizovali pod garanciou prof. PhDr. Jozefa Daniela, DrSc. ako prvého vedúceho pracoviska, renomovanej osobnosti slovenskej psychológie v oblasti metodológie a výskumu vôbec, dlhoročného vedeckého pracovníka a vedúceho Ústavu experimentálnej psychológie Slovenskej akadémie vied v Bratislave. Od októbra 2004 pracovisko viedla prof. PhDr. Eva Sollárová, CSc., ktorú následne vystriedal prof. PhDr. Imrich Ruisel, DrSc. Od marca 2015 viedol pracovisko prof. PhDr. Tomáš Sollár, PhD. V súčasnosti vedie ÚAPs PaedDr. Martina Romanová, PhD.
prof. PhDr. Jozef Daniel, DrSc. prof. PhDr. Imrich Ruisel, DrSc. prof. PhDr. Tomáš Sollár, PhD. PaedDr. Martina Romanová, PhD.